支撑三界平衡的玄元二气，每五百年交替一次时会产生空间裂隙，「元魔界」便趁乱将魔力透过元魔通道，附身在世俗权贵身上，欲一举颠覆天运，助蒙古逐鹿中原。

　　「玄仙界」的玄烨真人感应到元魔界的行动，忧心将造成三界失衡，人间生灵涂炭。为了解救苍生，稳定三界，透过感应通知人间界修练先知，组织十二玄盟，传授绝学密法，对抗元魔。

　　天汗元魔决定藉由皇室血脉来解开人间界水、火、风、雷四象天台封印，开启元魔界门，让魔界大军直接杀至人间界，因而透过魔相贾似道，藉为皇帝祈福增寿之名，将皇室公主软禁在少昊陵中。

　　此时，在一地灵人杰的玉泉村，主角(玩家)诞生了，主角展露出武学上的才华与抗魔的潜力，被十二玄盟视为未来对抗元魔势力的新希望，因而被委以重任，从此踏上救公主、卫故土、靖天下的天命之路。